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小青龟在2-3厘米时极难分辨公母,因生理特征不显著。当长到7-10厘米后,可通过泄殖孔位置(公的离腹甲远,母的近)和腹甲形状(公的内凹,母的平坦)来区分。母龟通常体型比公龟大且圆润,但这非绝对。尾巴特征也有差异:公龟尾根粗长,泄殖孔远;母龟尾巴短细,泄殖孔近。判断母龟能否产蛋(“试蛋”)主要看其生理成熟度(通常10厘米以上),体重和饲料、环境等因素也影响性成熟。