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纯种波斯猫的眼睛颜色多样，包括蓝色、绿色、紫铜色、金色和琥珀色，有时颜色会深浅不一。极少数情况下会出现两只眼睛颜色不同的鸳鸯眼，这通常与基因或白色毛发有关，在纯种波斯猫中少见。眼睛颜色主要由遗传决定，单一颜色通常代表更纯正的血统。此外，某些眼睛颜色（如白色鸳鸯眼）可能与基因缺陷相关，需注意健康问题。选择哪种颜色的波斯猫主要看个人喜好。
养蓝猫存在一些不容忽视的缺点。首先，它们易患心肌肥厚症等遗传病，可能带来长期的健康和财务压力。其次，蓝猫通常慵懒不爱互动，不能满足喜欢活泼伴侣的人的需求。性格上，它们可能固执、记仇，甚至有暴力倾向，对主人的忽视会记很久。此外，蓝猫贪吃易胖，可能引发糖尿病等健康问题，也增加了清洁难度。掉毛严重，对过敏者不友好。综合来看，蓝猫的健康、性格和护理问题可能给主人带来较大负担和失望。
猫咪的双眼颜色不同，称为异瞳猫或鸳鸯眼猫，这是虹膜异色症的表现。主要原因是遗传基因，特别是白色斑点基因，会影响胚胎期虹膜着色。发育中的小差错也可能导致虹膜颜色不同。某些品种如土耳其安哥拉猫，异瞳是其特征之一，且可能与耳聋有关。少数情况下，后天疾病也可能改变眼睛颜色。在日本，异瞳猫被视为好运象征。
